Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск по ключевому слову среди терминов GO

Термин- эндонуклеаза; Endonuclease

Идентификатор GO:0004519

Два синонима — intein, и endonuclease VIII activity

Определение термина — катализ гидролиза связей сложных эфиров внутри нуклеиновых кислот путем создания внутренних разрывов.

Количество родителей is_a - 1, part_of - 0

Дочерних терминов не найдено

Изображение графа:

Так как есть только связи is_a, то показать отличия на конкретных примерах не получается. Cвязи is_a и part_of отличаются тем, что связь part_of означает, что дочерний термин может быть частью родительского, а is_a означает, что дочерний термин обязательно является частью родительского термина.

Создание выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Исследование качества аннотации у мембранных белков Danio rerio

Протеом Danio rerio. Результаты поиска в UniProt, 14.03.2006 г

	Количество белков	Запрос
Всего	14508	"(([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio*]) "
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	2849	"((([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio]) & ((([uniprot-DBxref:C:] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) > parent )) "
В том числе мембранных (GO:0016020)	1019	"((([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio]) & ((([uniprot-DBxref:C:membrane] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) > parent )) "
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS/IDA)	0	"(((([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio]) & ((([uniprot-DBxref:C:GO:0016020] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) > parent )) & ((((((((([uniprot-DBxref:TAS.] \| [uniprot-DBxref:IDA.]) ! [uniprot-DBxref:IMP.]) ! [uniprot-DBxref:IGI.]) ! [uniprot-DBxref:IPI.]) ! [uniprot-DBxref:ISS.]) ! [uniprot-DBxref:IEP.]) ! [uniprot-DBxref:NAS.]) ! [uniprot-DBxref:IEA*]) > parent )) "
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (IEA)	1019	"(((([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio]) & ((([uniprot-DBxref:C:GO:0016020] & [uniprot-DBxref:P:]) & [uniprot-DBxref:F:]) > parent )) & ((((((((([uniprot-DBxref:IEA] ! [uniprot-DBxref:TAS.]) ! [uniprot-DBxref:IDA.]) ! [uniprot-DBxref:IMP.]) ! [uniprot-DBxref:IGI.]) ! [uniprot-DBxref:IPI.]) ! [uniprot-DBxref:ISS.]) ! [uniprot-DBxref:IEP.]) ! [uniprot-DBxref:NAS.*]) > parent )) "

Изображение Danio rerio:

Описание функции белка END4_ECOLI с использованием ресурсов EcoCyc

Из-за действия алкилирующих агентов, ионизирующей радиации или оксидантов в ДНК встречаются поврежденные основания. Исправление ошибок происходит в несколько шагов, один из которых, а именно устранение апуринового сайта, осуществляется эндонуклеазой. Фермент предположительно расположен в цитоплазме.
Схема реакции:

На главную страницу четвертого семестра